１９９６年のSFパニック映画『インデペンデンス・デイ』から、２０年ぶりの続編。壮絶な闘いの末、エイリアンの侵略から地球を守った人類は、エイリアンの再来に備えて地球防衛システムを構築していた。そして２０１６年７月。２０年前よりもさらに巨大なＵＦＯが地球を襲う・・・！